Ръководството на Национално представителство на студентските съвети в Република България е оперативен орган, който се избира от Общото събрание на организацията. Той се избира между всички представители на Студентсдките съвети от акредитираните висши училища в страната. Ръководството на НПСС има мандат от две години и представителите в него могат да бъдат избирани за не повече от два мандата. Той ръководи цялата дейност на НПСС.